Tzv. dvoufázové ověření zvyšuje zabezpečení služeb a kromě jména a hesla je při něm vyžadováno ještě další ověření. Běžně se používá například SMS s kódem, hardwarový klíč, nebo aplikace. Konkurenti Seznamu, tedy především Google nabízí možnost lepšího zabezpečení účtu již několik let. Nyní tuto možnost konečně nabízí i Seznam.
Dvoufázové ověření v pojetí Seznamu je postavené na myšlence „zadej heslo a potvrď přístup“. Proto po přihlášení například do Emailu musíte potvrdit svůj souhlas s přístupem do schránky prostřednictvím aplikace Seznam.cz. Ta se uživatele zeptá na potvrzení, zda je to on, kdo se právě přihlašuje. Potvrdit přihlášení je možné z mobilní, tabletové i desktopové verze prohlížeče Seznam.cz. Takže pokud chcete používat dvoufázové ověření při přihlašování do služeb Seznamu, musíte si nainstalovat aplikaci Seznam.
Útočníkovi, který uhádne heslo, majitel účtu znemožní případné přihlášení, protože bez samotného potvrzení notifikace je heslo nedostačující. S aktivním dvoufázovým ověřením je samotná znalost hesla pro přihlášení nedostatečná. Až 85 % českých uživatelů e-mailu nepoužívá bezpečné heslo pro přístup do své schránky. Téměř každý čtvrtý navíc používá takzvané univerzální heslo, které má stejné jak k e-mailu, tak i k jiným službám. Ukázal to výzkum Starci na netu, realizovaný společností Seznam.cz a Centrem prevence rizikové virtuální komunikace Pedagogické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci.
Dvoufázové ověření Seznam.cz nemusí uživatele upozornit nutně při každém přihlášení. Pokud totiž uživatel potvrdí, že prohlížeč, přes který se hlásí, je důvěryhodný a nehrozí, že k takovému počítači či telefonu by mohl mít přístup i někdo jiný, je možné nastavit, aby se přihlašování na takovém zařízení provedlo bez nutnosti potvrzení. Samotné zapnutí dvoufázového ověření je snadné. Stačí nainstalovat na svůj mobilní telefon aplikaci, nebo přejít do desktopové verze prohlížeče Seznam.cz a v nastavení zvolit položku dvoufázové ověření. Aplikace pak sama provede uživatele potřebnými kroky.